Указом президента Казахстана Нурсултана Назарбаева произведена реорганизация Министерства культуры республики путем выделения Агентства РК по делам религий.
В соответствии с подпунктом 3 статьи 44 Конституции Республики Казахстан Указ главы государства постановляет «реорганизовать Министерство культуры Республики Казахстан путем выделения Агентства Республики Казахстан по делам религий (далее — Агентство) с передачей ему функций и полномочий в сфере межконфессионального согласия, обеспечения прав граждан на свободу вероисповедания и взаимодействия с религиозными объединениями».
Предложение о создании в Казахстане агентства по делам религий впервые прозвучало в 2009 году на сессии Ассамблеи народа Казахстана.