Жаңа Салық кодексіне енгізілген кейбір нормалар экономикалық тұрақтылық пен шағын кәсіпкерлердің жұмысына тікелей қауіп төндіруі мүмкін. Ең басты мәселелердің бірі – арнайы салық режимі (АСР) мен жалпыға белгіленген режимдегі(ЖБР) компаниялар арасындағы шығынды есептеуге тыйым салу, сонымен қатар жеке кәсіпкерлер (ИП) мен ЖШС-лардың бір уақытта арнайы салық режимін қолдануына шектеу қою. Салық альянсының мамандары бұл нормалар елдегі шағын кәсіпкерлердің қызметіне кедергі келтіреді деп есептейді.
Салық альянсы сарапшыларының айтуынша, бұл норма әртүрлі салық режимінде жұмыс істейтін кәсіпкерлердің құқықтарын тең дәрежеде қарамайды. Соның салдарынан салық саясаты тек фискальды әкімшілікке бағынады, ал кәсіпкерлер арасындағы адал экономикалық байланыс бұзылады.